Die besondere Spezialisierung der Sigmund Freud Universität Wien auf die Bereiche der Psychologie, der Psychotherapiewissenschaft und der Medizin ermöglichen einen konstanten Wissensaustausch zwischen diesen Disziplinen. Dies bereitet auch den Weg für umfangreiche fakultätsübergreifende Forschung.
Es werden besondere Anstrengungen unternommen, multi- bzw. interfakultäre Forschungsthemen zu identifizieren und die Forscher*innen der SFU am Ort der institutionellen Akkreditierung sowie an den Orten der Durchführung besser zu vernetzen. In diesem Zusammenhang wurde unter Beteiligung von Wissenschaftler*innen aller Disziplinen der SFU beispielsweise das Forschungsprojekt „Vorausschauend forschen. Komplexe Zukunftsfragen – multidisziplinäre Antworten“ durchgeführt.
Besonders hervorzuheben ist dabei, dass die Fakultät für Psychotherapiewissenschaft mit allen in Wien bestehenden Fakultäten Forschung betreibt. Darüber hinaus gab es außerdem ein gemeinsames Projekt mit dem Institut für Kulturanthropologie/Volkskunde der Johannes Guttenberg Universität Mainz zu der Lawinenkatastrophe von Blons im Großen Walsertal 1954.
Die themenbedingt am engsten miteinander verknüpften Fakultäten der Psychologie und der Psychotherapiewissenschaften brachte auch die größte Anzahl an fakultätsübergreifenden Publikationen hervor. So erreichte die Zahl der gemeinsamen Publikationen der beiden Fakultäten bereits 35 (Stand: Mai 2023). Fast genauso viele gemeinsame Publikationen können beiden Fakultäten jeweils mit der medizinischen Fakultät verzeichnen. Mittlerweile 19 gemeinsamen Publikationen zwischen der Fakultät für Medizin und der Fakultät für Psychotherapiewissenschaften sowie 34 gemeinsamen Publikationen zwischen den Fakultäten der Medizin und Psychologie.